Sin embargo, posteriormente a la firma se originó una renegociación por parte de Eduardo Viada -enviado extraordinario y Ministro Plenipotenciario de la República de Honduras en España y Portugal- de algunos artículos por lo que se postergó la ratificación del mismo.
Pese a la no ratificación, esta primera firma generó protestas por parte de Chile y Perú, al considerar que Honduras se aliaba con España en el conflicto que mantenían ambas con la antigua metrópoli, afectando esa alianza a la neutralidad de los puertos de Omoa y Trujillo en caso de que el conflicto se expandiera a los territorios españoles en el Caribe.
En cualquier caso, la fallida revolución española de 1968 conocida como Gloriosa o Septembrina, y la sucesión de conflictos tanto en España como en Honduras, imposibilitó la conclusión del trámite.
Hasta que "deseando establecer sobre bases sólidas..." fue firmado hace 100 años en Guatemala (el 17 de noviembre del 1894) el Tratado de paz y amistad entre España y la República de Honduras, con la intención de garantizar así que "Habrá PAZ y AMISTAD inviolable entre España y la República de Honduras".
Fue uno de los últimos firmados con las jóvenes repúblicas iberoamericanas, y se redactó usando como base el firmado pocos años antes con Ecuador. Tiene, sin embargo, varias peculiaridades:
Teniendo en cuenta que la Constitución hondureña de 1894 establecía que "Honduras es un estado disgregado de la República de Centro América. En consecuencia, reconoce como una necesidad primordial volver a la unión con las demás secciones de la República disuelta. […] Las repúblicas de Centro América no se consideran como naciones extranjeras" o que según la anterior de 1880 "Se consideran como hondureños naturales los hijos de las otras Repúblicas de Centroamérica, por el hecho de hallarse en cualquier punto del territorio de Honduras, a no ser que ante la autoridad correspondiente, manifiesten el propósito de conservar su nacionalidad", España incluye una cláusula aclaratoria para evitar que la aplicación del tratamiento de "nación más favorecida" a los ciudadanos españoles suponga su automática asimilación a los centroamericanos y, por lo tanto, con los mismos derechos y -especialmente- obligaciones que los hondureños. En una época en que Honduras bullía en luchas internas, eso hubiera podido suponer -entre otras cosas- la incorporación obligatoria al ejército hondureño... .

